Hauptcharaktere
* Naruto Uzumaki
In Naruto wurde von seinem Vater, dem vierten Hokage, der Kyubi versiegelt. Anfangs ist Naruto tollpatschig und ungeschickt, doch wenn es um seine Freunde geht, erwachen in ihm der Kampfgeist und die Kraft des Dämons.
* Sakura Haruno
Eine Ninja-Musterschülerin, die in verliebt ist. Ihre größten Stärken sind ihre Intelligenz und ihre perfekte Kontrolle des Chakra. Sie hat zwei Persönlichkeiten, und ihre „innere Stimme“ zeigt sich manchmal, wenn sie sich in schwierigen Situationen befindet. Später kann sie mit den Fortschritten von Naruto und Sasuke nicht mehr mithalten und tritt als Schülerin von Tsunade den Pfad eines Medizin-Ninjas an.
* Sasuke Uchiha
Er stammt aus einer der stärksten Ninja-Familien in Konoha. Sein Lebensziel ist es, seinen Bruder Itachi zu töten, der bis auf Sasuke den ganzen Familienclan ausgelöscht hat.
* Kakashi Hatake
Er ist Jonin und Lehrmeister von Naruto, Sakura und Sasuke. Kakashi ist ein meisterhafter Kämpfer und ehemaliges ANBU-Mitglied. Sein linkes Auge ist die meiste Zeit von einem Stirnband bedeckt. Darunter verbirgt er ein Sharingan-Auge, das er in seiner Jugend von seinem besten Freund Obito aus dem Uchiha-Clan transplantiert bekam. Daher hat er auch die Fähigkeit, die Techniken seines Gegners zu kopieren und wird daher „Kopier-Ninja“ genannt. Kakashis Lehrmeister war der vierte Hokage und mit der Zeit entdeckt Kakashi gewisse Ähnlichkeiten zwischen seinem altem Lehrer und seinen Schüler Naruto.
Nebencharaktere
Die San-Nin (Drei Ninja)
Jiraiya, Tsunade und Orochimaru sind die „Drei legendären Ninja“ (Densetsu no Sannin), die durch ihre Stärke einen weitreichenden Bekanntheitsgrad erreicht haben. Sie stammen aus Konoha, gingen jedoch später getrennte Wege.
Dabei ist Jiraya für seine Lüsternheit bekannt, als Schriftsteller schrieb er unter anderem erotische Bücher aber auch ein Buch, in dem die Hauptfigur der Namensgeber für Naruto ist. Zudem wurde ihm vorhergesagt, dass er den Ninja ausbilden wird, der die Welt der Ninja verändern wird. Tsunade leidet unter Spielsucht und dem Verlust ihrer jüngeren Bruders und ihres Ehemannes, aufgrund derer sie Konohagakure verließ. Ihre Fähigkeiten liegen insbesondere in der Heilkunst und in ihrer immensen Körperkraft. Orochimaru ist verschlagen, listig und mit einer breiten Palette an fürchterlichen Techniken ausgestattet. Seine Experimente zur Erlangung ewigen Lebens haben dafür gesorgt, dass eine wahre Gestalt die einer weißen Schlange ist. Orochimaru verließ die Organisation Akatsuki, nachdem er von Itachi erfolgreich davon abgehalten wurde, dessen Körper zu übernehmen.
Weitere Ninja aus Konoha
* Team Kurenai/Team 8
Kurenai Yuhi ist die Anführerin dieses Teams und ist für die Ausbildung von Hinata Hyuga, Kiba Inuzuka und Shino Aburame verantwortlich. Hinata verfügt, aufgrund ihrer Abstammung, über das Byakugan, ein verbessertes Auge, mit dem sie in der Lage ist, das Chakra von anderen zu erkennen und es mit ihren Nahkampftechniken zu beeinflussen. Kiba, der stets von seinem Hund Akamaru begleitet wird, benutzt hauptsächlich Techniken in Zusammenhang mit diesem und verlässt sich häufig auf seinen ausgeprägten Geruchssinn. Shinos Körper lebt in Symbiose mit einer Käferart die ihm gehorcht und die er für seine Zwecke einsetzen kann.
* Team Gai/Team 9
Dieses Team wurde bereits ein Jahr vor den anderen Teams unter Maito Gai gegründet. Zu ihm gehören Neji Hyuga, Rock Lee und Tenten. Rock Lee eifert so gut er kann seinem Vorbild Maito Gai nach, verlässt sich aber allein auf seine reine Kampfkraft, da er weder Ninjutsus noch Genjutsus beherrscht. Neji hingegen verfügt, wie Hinata, über das Byakugan. Tenten ist eine Spezialistin im Umgang mit Fernkampfwaffen und steht somit im starken Gegensatz zu den drei Nahkämpfern im Team.
* Team Asuma/Team 10
Unter der Leitung von Asuma Sarutobi, dem Sohn des dritten Hokage, sollen Shikamaru Nara, Choji Akimichi und Ino Yamanaka zu vollwertigen Ninja ausgebildet werden. Shikamaru hat sich auf Techniken spezialisiert bei denen er Schatten kontrollieren und als Waffe verwenden kann, während Inos Spezialität die Kontrolle der Gedanken anderer ist. So kann sie die totale Kontrolle über den Körper eines Gegners gewinnen, ist allerdings zu diesem Zeitpunkt selbst schutzlos. Der ständig essende und dick wirkende Choji hat, wie sein Vater, die Fähigkeit bestimmte Körperteile, wie etwa die Fäuste, stark zu vergrößern.
* Iruka Umino
Ein Chunin und zu Beginn der Serie Narutos Klassenlehrer an der Ninja-Akademie. Die beiden treffen sich oft, um Ramen zu essen (auf Deutsch vereinfacht als „Nudelsuppe“ übersetzt), wobei Iruka für Narutos vertilgte Unmengen aufkommen muss. Er ist wie eine Vaterfigur für Naruto. Liest man seinen Namen als „Umi no iruka“, so hat er die Bedeutung „Meeresdelfin“.
* Sai und Yamato
Als Vertretung für Kakashi und Sasuke wird Team 7 zeitweise mit neuen Mitgliedern besetzt. Als Ersatz für Sasuke kommt Sai von der ANBU-Organisation Root auf Geheiß des ANBU-Anführers Danzou ins Team, wo er durch beleidigende Äußerungen Naruto und Sakura gegen sich aufbringt. Als Ersatz für Kakashi dient Yamato, der ebenfalls ein ANBU-Mitglied ist. Yamato ist ein Produkt aus Orochimarus Experimenten und kann aufgrund dieser ebenso wie der erste Hokage Holz-Element-Jutsus anwenden und die Macht der Jinchuriki unterdrücken.
Gegner
Akatsuki
Die Organisation Akatsuki strebt die Herrschaft über die Welt an und der erste Schritt hierzu ist es, alle neun Dämonen zu versiegeln, damit ihr Chakra als Waffe eingesetzt werden kann. Der Anführer von Akatsuki, Pain, hieß früher Nagato und wurde von Jiraya ausgebildet. Allerdings zeigte sich, dass der stille Junge über das mächtigste der drei Augen-Jutsu, das Rinnegan, gebietet. Nach der Ausbildung wurde er zum Akatsuki-Anführer Pain, und es gelang ihm, sich sechs verschiedener Körper zu bemächtigen, in denen er gleichzeitig lebt, sowie das Regen-Dorf zu erobern. Durch sein Können ist Akatsuki in der Lage, mit Hilfe der neunfachen Drachen Illusion-Technik, die Dämonen aus den Körpern der Jinchuriki herauszuziehen. Itachi Uchiha ist Sasukes älterer Bruder und schloss die Ninja-Akademie bereits mit sieben Jahren ab, wurde mit zehn Jahren zum Chunin befördert und mit 13 Jahren Gruppenführer eines ANBU-Teams. Mit Ausnahme seines kleinen Bruders hat er zusammen mit dem Clangründer Madara Uchiha den gesamten Uchiha-Clan ausgelöscht. Ebenso wie Sasuke und Tobi besitzt er das Sharingan, mit dem er die Technik eines Gegners durchschauen und kopieren kann. Außerdem beherrscht er das Mangekyo Sharingan, welches mit der Zeit das Augenlicht des Anwenders kostet, was Itachi verhindern will, indem er Sasukes Augen übernimmt.
Die meisten Mitglieder sind in Zweier-Teams organisiert, die jeweils aus zwei höchst unterschiedlichen Personen bestehen. Der ruhige Itachi Uchiha wird vom hitzköpfigen Kisame Hoshigake begleitet, dem religiösem Hidan steht der materialistische Kakuzu bei. Zudem herrscht zwischen den Mitgliedern Sasori und Deidara ein Disput über ihre Kampftechnik, die beide als Kunst titulieren. Die letzten Mitglieder sind Pains Partnerin Konan, Zetsu sowie der tolpatschig wirkende Tobi, der ebenso wie Sasuke und Itachi ein Sharingan hat und der von Pain und Itachi als Madara Uchiha bezeichnet wird.
Das Dorf Otogakure
Das Dorf Otogakure wurde von Orochimaru gegründet und seine Ninjas sind bei der Invasion Konohas beteiligt. Die Stirnbänder dieses Dorfes tragen allesamt eine Musiknote.
Wichtigstes Mitglied ist Kabuto Yakushi. Orochimarus engster Vertauter wurde als Waise von diesem aufgenommen und erlernte von diesem vor allem medizinische Jutsus. Er war lange Zeit als Spion verschiedenster Parteien eingesetzt und diente mehreren Parteien (Akatsuki, Konoha und Orochimaru), so dass seine Persönlichkeit selbst für Orochimaru nur schwer zu durchschauen ist. Nach Orochimarus Tod nimmt er ein kleines Stück von diesem in sein Gesicht auf, welches immer mehr von seinem Körper erobert.
Orochimarus Leibwächter, die vier Schall-Ninja, stehen diesem beim Kampf gegen den dritten Hokage bei und verhelfen an späterer Stelle Sasuke zur Flucht. Bei Sasukes Flucht spielt zudem noch der junge Kimimaro Kaguya, der Orochimaru als Körper dienen soll, eine wichtige Rolle.
Sasukes Team Hebi besteht ebenfalls aus den drei ehemaligen Schall-Ninja Karin, Jugo und Suigetsu Hozuki. Sasukes drei Begleiter haben die Aufgabe nach seinem Bruder zu helfen und wenn nötig, störende Personen davon abzuhalten, die Suche zu behindern.
